分子模拟对于建模和理解复杂的生物分子系统至关重要。Discovery Studio®的2022版本包括抗体-赋形剂相互作用预测,以增强生物疗法的配方。基于BIOVIA Pipeline Pilot™, Discovery Studio®被定位为生命科学研究中全面的协作建模和仿真的应用程序。
作为2022年BIOVIA产品发布系列的一部分,Discovery Studio 2022继续提供生物治疗、仿真和小分子研究领域的科学新进展。
(1) 一个新的Protocol,预测赋形剂相互作用,预测抗体配方中常见赋形剂与抗体表面残基优先相互作用1。
(2) 分子动力学模拟生成的支持向量机(Support Vector Machine)和弹性网络(Elastic Net)机器学习模型,预测6种配方辅料的分子相互作用,包括山梨醇、蔗糖、海藻糖、脯氨酸、精氨酸·HCl和NaCl。
(3) 用Γ23值(优先相互作用系数)着色的蛋白质表面显示局部赋形剂分子与局部水分子的相互作用。
(4) 与现有的聚合和粘度预测工具一起使用,使得配方设计能够在开发过程的早期进行。
图1:红色的正值表示较高的Γ23值,对应于更多的局部赋形剂分子与抗体的相互作用,而蓝色的负值对应于更多的局部水分子与抗体的相互作用。
(1) 计算蛋白质特征和序列描述符组件计算用于机器学习的基于结构和序列的描述符。
(2) 新的脚本API支持标准和专用功能计算,例如,特定残留物类型的特定原子间距离。
(3) 添加到RCSB结构搜索Protocol中的配体子结构搜索查询,以及RCSB服务器中的所有可用匹配类型。
(2) 根据每个残基的置信度得分,从AlphaFold蛋白质结构数据库中对蛋白质进行着色。
图4:AlphaFold蛋白质结构数据库中的一种蛋白质,用每残基置信度得分着色。
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